Het doel van Butterfly Connect is om het speelveld vrij te maken van vlindervleugels. Gebruik de muis of het touchscreen om twee identieke vleugels te selecteren. Dit verwijdert ze uit het speelveld. Twee vleugeltegels kunnen aan elkaar worden gekoppeld als ze aangrenzend zijn of kunnen worden verbonden met een lijn die maximaal twee hoeken heeft. Gebruik de knoppen bevriezen, hint of shuffle om extra hulp te krijgen tijdens het spel.